Préciser un diagnostic | Veau [DMV]



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Quels sont les tests diagnostiques disponibles?

  • Nécropsie (confirmation des lésions, analyse des tissus et contenus intestinaux)
  • Tests réalisés sur des matières fécales (culture, ELISA, PCR, centrifugation au sulfate de zinc, Wisconsin)
  • Tests réalisés sur du sang (sérologie, hémoculture)

 

Les prélèvements de matière fécales pour identifier les agents responsables de diarrhée dans un groupe de veau (d’après McGuirk, 2008)

 

  • Pool de 6 génisses non traitées
  • Même groupe d’âge que les animaux en diarrhée
  • Noter également le score de matières fécales afin d’objectiver l’intensité des signes cliniques de diarrhée dans l’élevage
  •  Interprétation
    • Jusqu’à 20% des veaux peuvent excréter rotavirus, coronavirus ou Cryptosporidium parvum
    • Donc considéré comme significatif si ≥ 2 veaux positifs ou si un veau positif pour Salmonella

Acheminement des échantillons au laboratoire

  • Étape cruciale
  • Échantillon doit être acheminé :
    • Le plus rapidement possible (éviter les prélèvements le vendredi)
    • Réfrigéré
  • Important de spécifier quelles analyses doivent être faites
  • Valider si les analyses sont offertes par le laboratoire
  • Appeler en cas de doute

Quelles analyses demander au laboratoire?

Pour les bactéries

Pour les bactéries (matières fécales)

  • Culture bactérienne
    • Routine pour coli pour virotypage
    • Pour salmonelles AUTRES QUE DUBLIN
      • Culture spécifique
      • Identification – sérotypage
      • 3 échantillons minimums sont indiqués pour infirmer un diagnostic individuel (excrétion intermittente)
  • qPCR
    • Salmonella spp, Salmonella thyphimurium, coli k99/F5
  • ELISA K99/F5 pour coli enterotoxinogène (ETEC)
  • Les antibiogrammes pour les agents entériques
    • Isolement à partir des matières fécales
      • Il n’existe pas actuellement de seuils d’interprétation spécifiques aux bovins pour classifier les souches comme sensible, intermédiaire ou résistante et prédire la réponse clinique pour les antibiotiques homologués chez les bovins;
      • Les souches isolées dans les matières fécales peuvent présenter des profils de résistances variés et la souche cultivée peut ne pas être représentative de la souche à l’origine des signes cliniques
    • Ce que l’on cherche à traiter avant tout, c’est la septicémie
      • Agents – souches bactériennes responsables peuvent être différentes de celles isolées dans les matières fécales
    • Attention à leur utilisation et leur interprétation pour le traitement d’un individu
    • Ils ont par contre un intérêt pour le suivi des profils de sensibilité aux antibiotiques des bactéries
  • Culture vs PCR
Nom Avantages Inconvénients
Culture
  • Bactéries viables
  • Toutes les espèces
  • Possibilité de réaliser des antibiogrammes pour un suivi épidémiologique de profils de résistance dans une population donnée
  • Plus long (variable selon l’agent bactérien)
  • Parfois plus coûteuse si culture + identification à l’espèce
  • Problèmes liés au transport
  • Laboratoire spécialisé pour certains agents bactériens
PCR
  • Rapide
  • Coût
  • Moins affecté par le transport
  • Parfois plus sensible (selon la méthode PCR et l’agent pathogène)
  • Possibilité de pools
  • Pas toujours d’identification à l’espèce
  • Parfois spécifique à une espèce bactérienne, ne permet donc pas la détection des autres espèces
  • Bactéries viables ou non
  • Variation selon les techniques

 

Attention pour les PCR

  • Comme tous les tests : faux négatifs et faux positifs possibles
  • Toutes les PCR ne sont pas égales ! Il faudrait privilégier les PCR en temps réel quand elles sont disponibles (qPCR)
  • Pour le qPCR ne pas oublier de regarder la valeur des Ct
    • La valeur seuil Ct correspond au nombre de cycles d’amplification requis pour détecter l’agent pathogène
    • Le laboratoire fournira une interprétation du résultat de la valeur Ct
    • Une petite valeur Ct indique que l’agent pathogène est présent en grande quantité dans l’échantillon
    • Une grande valeur Ct indique un résultat suspect ou négatif

Pour Salmonella Dublin

Pour Salmonella dublin

  • Nécropsie
  • Sérologie : des sérums pairés peuvent être réalisés pour valider une séroconversion, attention à l’interprétation si animal a moins de six mois (interférence avec anticorps colostraux)
  • Culture fécale : très souvent négative, culture difficile dans les matières fécales
  • qPCR sur les matières fécales
  • Hémoculture
  • Tissus/liquides en rapport avec la septicémie et les signes cliniques associés : urine, larmes, liquide synovial, sécrétions respiratoires

Pour les Clostridies

Pour les clostridies

  • Clostridium perfringens type C
    • Idéalement tissus intestinaux et contenus intestinaux
    • Culture, génotypie et recherche des toxines

Pour les virus

Pour les virus

  • PCR en temps réel (qPCR)
    • BVD, coronavirus, rotavirus A, Torovirus
  • ELISA
    • Rotavirus A, coronavirus
  • Culture virale – isolement viral
  • Microscopie électronique

Pour les parasites

Pour les parasites

  • PCR en temps réel
    • Cryptosporidium spp, Giardia intestinalis
  • ELISA
    • Cryptosporidium spp
  • Centrifugation au sulfate de zinc, Wisconsin

Intérêt des profils

De nombreux laboratoires proposent des profils digestifs permettant l’identification des plusieurs agents en même temps. De plus, dans un certain nombre de cas, plus d’un agent peuvent être incriminés. Afin de savoir quel profil choisir voici quelques questions à se poser :

  • Est-ce que j’ai besoin de tester pour plusieurs agents ou je veux infirmer ou confirmer la présence d’un agent spécifique?
  • Quels sont les agents qui pourraient être responsable de la diarrhée à cet âge ? Quelle est la signification de leur isolement ?
    • Ex. si le veau a plus de 5 jours, il ne peut pas avoir de signes cliniques associés à E. coli K99/F5
  • Est-ce que le profil est moins couteux que plusieurs tests individuels ?
  • Quelle est la technique de laboratoire utilisée pour le profil et est-ce qu’elle s’applique bien pour répondre à mes questions – à mon contexte clinique ?
Profil digestif ELISA: Cryptosporidium, E. coli K99, rotavirus et coronavirus

Profil digestif PCR: BVD, coronavirus, rotavirus A, torovirus, Cryptosporidium spp, Giardia intestinalis, Salmonella spp et E. coli K99/F5