Préciser un diagnostic | Vache [DMV]



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Agents étiologiques

Un traitement devra souvent être mis en place rapidement sans connaître exactement l’agent pathogène responsable de la maladie. Cependant, il importe d’effectuer des tests diagnostiques appropriés afin de déterminer quel est ou quels sont les agents pathogènes responsables de la maladie dans l’élevage.

Selon l’apparition et l’évolution de la diarrhée, c’est-à-dire si elle survient de façon aiguë ou si elle persiste dans le temps, les causes possibles seront différentes.

Aiguë

  • Infectieuse : salmonelles, coronavirus, BVD, ostertagiose
  • Non-infectieuse : déplacement/dilatation de caillette, dilatation du caecum, indigestion, etc.

Chronique :

    • Paratuberculose, parasitoses (autres que ostertagiose), maladies infiltratives et prolifératives, déficience en cuivre

Quels sont les tests diagnostiques disponibles?

  • Nécropsie (confirmation des lésions, analyse des tissus et contenus intestinaux)
  • Tests réalisés sur des matières fécales (culture, ELISA, PCR, centrifugation au sulfate de zinc, Wisconsin)
  • Tests réalisés sur du sang (sérologie, hémoculture)

Acheminement des échantillons au laboratoire

  • Étape cruciale
  • Échantillon doit être acheminé :
    • Le plus rapidement possible (éviter les prélèvements le vendredi)
    • Réfrigéré
  • Important de spécifier quelles analyses doivent être faites
  • Valider si les analyses sont offertes par le laboratoire
  • Appeler en cas de doute

Quelles analyses demander au laboratoire?

Pour les bactéries

Pour les bactéries (matières fécales)

  • Culture bactérienne
    • Routine pour coli pour virotypage
    • Pour salmonelles AUTRES QUE DUBLIN
      • Culture spécifique
      • Identification – sérotypage
      • 3 échantillons minimums sont indiqués pour infirmer un diagnostic individuel (excrétion intermittente)
  • qPCR
    • Salmonella spp, Salmonella thyphimurium, Salmonella Dublin
  • Les antibiogrammes pour les agents entériques
    • Isolement à partir des matières fécales
      • Il n’existe pas actuellement de seuils d’interprétation spécifiques aux bovins pour classifier les souches comme sensible, intermédiaire ou résistante et prédire la réponse clinique pour les antibiotiques homologués chez les bovins;
      • Les souches isolées dans les matières fécales peuvent présenter des profils de résistance variés et la souche cultivée peut ne pas être représentative de la souche à l’origine des signes cliniques
    • Ce que l’on cherche à traiter avant tout, c’est la septicémie
      • Agents – souches bactériennes responsables peuvent être différentes de celles isolées dans les matières fécales
    • Attention à leur utilisation et leur interprétation pour le traitement d’un individu
    • Ils ont par contre un intérêt pour le suivi des profils de sensibilités aux antibiotiques des bactéries
  • Culture vs PCR
Nom Avantages Inconvénients
Culture
  • Bactéries viables
  • Toutes les espèces
  • Possibilité de réaliser des antibiogrammes pour un suivi épidémiologique de profils de résistance dans une population donnée
  • Plus long (variable selon l’agent bactérien)
  • Parfois plus coûteuse si culture + identification à l’espèce
  • Problèmes liés au transport
  • Laboratoire spécialisé pour certains agents bactériens
PCR
  • Rapide
  • Coût
  • Moins affecté par le transport
  • Parfois plus sensible (selon la méthode PCR et l’agent pathogène)
  • Possibilité de pools
  • Pas toujours d’identification à l’espèce
  • Parfois spécifique à une espèce bactérienne, ne permet donc pas la détection des autres espèces
  • Bactéries viables ou non
  • Variation selon les techniques

 

Attention pour les PCR

  • Comme tous les tests : faux négatifs et faux positifs possibles
  • Toutes les PCR ne sont pas égales ! Il faudrait privilégier les PCR en temps réel quand elles sont disponibles (qPCR)
  • Pour le qPCR ne pas oublier de regarder la valeur des Ct
    • La valeur seuil Ct correspond au nombre de cycles d’amplification requis pour détecter l’agent pathogène
    • Le laboratoire fournira une interprétation du résultat de la valeur Ct
    • Une petite valeur Ct indique que l’agent pathogène est présent en grande quantité dans l’échantillon
    • Une grande valeur Ct indique un résultat suspect ou négatif

Pour les virus

Pour les virus

  • PCR en temps réel (qPCR)
    • BVD, coronavirus
  • ELISA
    • coronavirus
  • Culture virale – isolement viral
  • Microscopie électronique

Pour les parasites

Pour les parasites

  • Wisconsin