Les différents tests diagnostiques [DMV]

Culture de lait au laboratoire

• Ensemencement de 0.01 mL de lait sur gélose sang
• Incubation de la gélose à 35◦C 24 à 48h et incubation de l’échantillon de lait
  • Conditions de croissance favorables pour la plupart des agents pathogènes, à l’exception des mycoplasmes
  • Si une croissance significative survient sur la gélose, le lait incubé n’est pas analysé
• La spécificité de la bactériologie varie de 90 à 100%
  • Un faux positif pourrait survenir s’il y a contamination de l’échantillon au moment du prélèvement
• La sensibilité de la bactériologie varie selon plusieurs facteurs
  • Type de bactérie
  • Type d’échantillon (ex. : composite vs quartier)
  • Nombre d’échantillons prélevés consécutivement
  • Procédures du laboratoire
• Résultats possibles
  • Aucune croissance
  • Culture pure (un seul type de colonie bactérienne selon évaluation macroscopique)
  • Culture mixte (2 types de colonies morphologiquement différentes)
  • Échantillon contaminé (3 types de colonies ou plus)
    • Certains laboratoires vont rapporter la présence de S. aureus, Streptococcus agalactiae ou Mycoplasma spp en enrichissement même si l’échantillon primaire est contaminé. Attention, ces résultats sont considérés comme douteux.
    • Si possible, un autre échantillon devrait être repris et analysé pour établir un diagnostic final.

Identification des colonies

• L’identification des agents pathogènes se fait, de façon classique, par succession de plusieurs tests (coloration de Gram, tests biochimiques, etc.)
• Depuis quelques années, l’identification se fait à l’aide du MALDI-Tof MS (Matrix assisted laser desorption ionisation time of flight mass spectrometry). Ceci a permis de diminuer les délais d’analyse au laboratoire.

Le MALDI-ToF

• Révolution dans l’identification des agents pathogènes depuis 5 à 10 ans en médecine vétérinaire
• Nécessite tout de même une culture de l’échantillon sur gélose
  • Par contre, l’identification d’un isolat prend <1 minute une fois la croissance terminée
• Grande capacité à classifier correctement un grand nombre de microorganismes, il identifiera l’isolat bactérien au niveau de l’espèce bactérienne la majorité du temps
  • Identifie avec plus de précision les staphylocoques non aureus, les Enterobacter, les SSLO (Streptococci and streptococci-like organims) et les levures
• Base de données de référence comprend :
  • 433 « genres » d’agents pathogènes
  • 2500 « espèces »
  • 7311 spectres de références
  • Base de données peut être bonifiée et personnalisée facilement
• Certains genres sont toujours difficiles à identifier
  • Salmonella spp
  • Mycoplasma spp

Diagnostic moléculaire

Détecte de l’ADN, de l’ARN, des protéines ou autres métabolites associés à un agent pathogène, afin d’établir la présence ou l’absence dudit agent pathogène

• PCR et qPCR
  • Rapide (quelques heures)
  • Par contre, ne détecte que les agents pathogènes inclus dans le test
  • Détecte ADN d’organismes vivants ou morts
  • Détecte de l’ADN à faible concentration
    • Attention contamination (plus de 2 agents pathogènes identifiés?)
  • Pas de seuil établi (valeur ct) pour le qPCR
    • <31 : habituellement fiable
    • 32-37 : contamination possible

Choix du test diagnostic moléculaire en fonction de l’objectif de la culture de lait

Tests à la ferme ou en clinique vétérinaire

Minnesota Bi-plates®

• Gélose divisée en deux milieux de culture (MacConkey et gélose sang avec esculine 1%)
• Permet la classification de :
  • Gram +
  • Gram –
  • Absence de croissance
  • Identification de aureus possible basée sur la présence d’hémolyse

Minnesota Tri-plates®

• Permet la classification de :
  • Gram +
  • Gram –
  • Absence de croissance
  • Streptocoques ou « Strep-like organism »
  • Identification de aureus possible basée sur la présence d’hémolyse

Minnesota Easy 4Cast®

• Permet d’ensemencer les 4 quartiers d’une vache sur la même gélose sang
• Utile pour les traitements intra-mammaires antibiotiques sélectifs au tarissement
• Identification de aureus possible basée sur la présence d’hémolyse

Petrifilm®

• Plusieurs Petrifilms existent
  • Staph Express plate (STX)
    • Identifie les aureus
    • 24-26h pour avoir les résultats finaux
  • Compte aérobique total (PAC)
    • Identifie les bactéries aérobiques
    • 24 et 48 h pour avoir les résultats finaux
  • Compte coliformes rapide (RCC)
    • Identifie les coliformes
    • Changement de couleur en 6-12 h si forte concentration de bactéries
    • 24h pour avoir les résultats finaux
  • Compte coliformes (CC)
    • Identifie les coliformes
    • 24h pour avoir les résultats finaux

Quel milieu devrions-nous utiliser?

• Dépend du nombre de cas par mois
  • La durée de conservation des milieux de culture varie (ex : Petrifilm > 1 an; Tri-Plates 12 semaines)
• Prévalence/type de bactéries recherchées (ex. : streptocoques)
• Objectifs de la culture (traitement de mammite clinique, gestion du tarissement, etc.)